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本校の歴史は、大阪府北部・北摂地域に中学校設立を求める地元の人々の熱い思いに応えるため、大阪高等医学専門学校（現 大阪医科薬科大学医学部）理事長の藤堂献三氏、初代高槻市長（第35・36代大阪府議会議長）の礒村彌右衞門氏、京阪電鉄取締役兼支配人の牲川角之助氏らの尽力によって文部省から旧制高槻中学校の設置が認可された1940（昭和15）年10月16日に遡ります。
1940（昭和15）年の創立時、教学の舵取り役には当時灘中学校教頭であった吉川昇先生が初代校長として迎えられ、翌年４月、磐手尋常小学校（現 高槻市立磐手小学校）の校舎の一部を借用し、学舎として歩み始めました。1948（昭和23）年の学制改革後は高槻中学校と高槻高等学校を併設し、吉川校長提唱の「真面目に、強く、上品に」を校訓とし、私立進学校としてその地歩を固めてきました。
その後、2010（平成22）年の創立70周年を機に、平成以降の深刻な少子化や公立高校での大胆な教育改革など、私学を取り巻く厳しい環境と向き合うため、学校改革に着手し、開校時の「建学の精神」である「国家・社会を担う人物の育成」を進化させ、新たにグローバル化社会にも通用するスクールミッション “Developing Future Leaders With A Global Mindset”（グローバルマインドをもった次世代リーダーの育成）を制定しました。あわせて、このミッション実現のため、英語教育改革、国際教育・探究型教育の導入を進めました。
さらに、経営強化のため、学校法人高槻高等学校は2014（平成26）年に学校法人大阪医科大学との法人合併に踏み切り、その２年後には学校法人大阪薬科大学との法人合併も行われ、経営母体は学校法人大阪医科薬科大学となりました。その結果、本校は大阪医科薬科大学との密接な教育活動の高大連携を始動させ、「グローバル教育」と「先進的な生命科学系サイエンス教育」を私立学校として特色教育の二軸として明確化するに至りました。現在、本校は文部科学省よりスーパーサイエンスハイスクール（SSH）及びスーパーグローバルハイスクール（SGH）ネットワーク参加校としての指定を受けており、上記の特色教育は、本校のみならず、国の中等教育の発展にも寄与できるよう取り組んでいるところです。
学校法人は、この特色教育をハード面からもより確かなものとすべく、2016（平成28）年より５ヵ年計画でキャンパス再整備事業を進め、2017（平成29）年３月の高校ＨＲ教室、理科教室７室、音楽・芸術・家庭科実習室等を備えた４階建・延床面積約7,900平方メートルの南棟の完成（第１期工事）に続き、2018（平成30）年８月には新図書館、アクティブラーニングコモンズ及び講堂（コナコピアホール）が完成（第２期工事）、学校創立80周年となる2020（令和2）年３月には新本館（第３期工事）が完成いたしました。
また、上記の法人合併を機に、男女共同参画社会の確立という時代の要請にも対応すべく、2017（平成29）年度より中学１年に女子生徒を受け入れ、2022（令和4）年度に中・高６学年の共学化が完成し、2023（令和5）年３月、共学第一期の生徒（75期生）が高槻高等学校を巣立ちました。
このように、本校は現在６ヵ年完全中・高一貫の私立中学校・高等学校として学校法人大阪医科薬科大学の一翼を担い、特色ある教育活動を推進し、創立以来の大きな発展への途上にあります。これまでに本校を巣立った１万６千名の卒業生は、国内外の様々な分野で活躍しています。私は2018（平成30）年４月に第７代校長を拝命し、教育内容の一層の充実と校務運営の改善に努めているところです。本校の卒業生でもあり、今後も持続的な学校発展を確かなものとするため、職責を果たして参る所存です。本校のさらなる発展にご期待をいただくと同時に、皆様からの温かいご理解と一層のご支援を賜りますようお願い申し上げます。